elasticsearch.docwiki.ru

Решено, проблема была в пустом и не пустом каталоге.
Нужно было из каталога /var/www/myblog/ убрать все файлы, сделать операцию Clone, и затем вернуть файлы приложения обратно. SmartGit сразу же увидел все файлы после копирования их на старое место.