Функцию prompt предоставляет браузер, а вы запускаете скрипт не в браузере, а в nodejs.

Это можно сделать сниппетами. Например:

{
  "div element": {
    "scope": "html",
    "prefix": "div",
    "body": [
      "<div class=\"$1\">",
      "    $2",
      "</div><!-- end $1 -->"
    ],
    "description": "commented div"
  }
}

Но понадобятся такие сниппеты для тегов section, header, footer и т д.
Поэтому можно сделать вот так:

{
  "commented element": {
    "scope": "html",
    "prefix": "div", // тут любое сочетание букв, как удобно
    "body": [
      "<$1 class=\"$2\">",
      "    $3",
      "</$1><!-- end $2 -->"
    ],
    "description": "commented element"
  }
}