Когда появляется клавиатура — уменьшается размер вьюпорта внутри которого пытается выровняться окно. Попробуйте при событии фокуса в инпут из iOS или android запускать иной механизм выравнивания модального окна с фиксированным отступом сверху вместе выравнивания по центру.
