Ну работа через SVN/git — это самое оно для работы с различными версиями. Самый главный плюс, если разрабатываете в одиночку — быстрый откат изменений
Переход на новую версию скриптов, с изменённой базой данных можно делать двумя способами:
1. Отключение сервера на время перехода (в Вашем случае, это скорее всего пара минут, в не бизнес время можно позволить)
2. Перенос основной базы в новый формат, запуск новой версии, перенос того, что успело попасть в старую базу за время конвертации. Однако в этом случае возможны тысячи ньюансов, так что лучше кардинально структуру БД на рабочем проекте не менять.
