deb - это формат пакетов, причём формат предельно простой, по сравнению с rpm и в него в принципе можно что угодно запихнуть, в том числе и исполняемые файлы для ios. + уже есть все инструменты для работы с ними и не нужно изобретать велосипед.
Запускаются не сами deb-ы, а то что в них лежит. Очевидно, что установить на ios какое-нибудь обычное приложение с дебиана ну никак не выйдет.
Как именно cydia их обрабатывает - я не нашёл.
