Все, сам нашел.
Вот здесь как сделать update
orgmode.org/worg/org-faq.html#updating-org
А тут про проблему, когда org устанавливается из двух мест, например из репозитория пакетов ELPA и из git в самой сборке emacs
orgmode.org/worg/org-faq.html#mixed-install