Вряд ли есть решение, при котором реально можно будет работать с удаленными файлами через SourceTree.
Такие вопросы уже задавались, там ничего толкового не предложили.
> но на сервер он не заливается разумеется
В чём проблема получить коммит локально, а на сервере сделать что-то вроде этого, что приведет файлы к идентичному состоянию:
# сброс всех изменений
git reset --hard &&
# удаление неотслеживаемых файлов и директорий (естественно, не трогаем игнорируемые), чтобы они не мешались при слиянии (они всё равно есть в репозитории)
git clean -fd &&
# обновление без запросов на ввод merge-сообщений
git pull --no-edit
Это при условии, что Git-репозиторий есть на обеих сторонах: у вас и на сервере.
Таким образом, у вас будет одинаковое состояние проекта и можно работать дальше. Чужие изменения будут там же учтены.
