utsiye

Используйте threading.

import threading

def flask_func():
    #ЗДЕСЬ КОД ФЛЯСКА И ЗАПУСК APP
def pyrogram_func():
    #ЗДЕСЬ КОД PYROGRAM И ЕГО ИНИЦИАЛИЗАЦИЯ

thread1=threading.Thread(target=flask_func).start()
thread2=threading.Thread(target=pyrogram_func).start()

Проблема решилась сама, возможно что-то было с интернетом, хотя не уверен. Через час просто запустил еще раз, все ок сработало.