Для начала, в Python есть более вменяемые способы управления процессами - посмотрите модуль multiprocess.
API, как можно догадаться, должен отвечать моментально.
Догадаться не получается, на самом деле:) Очень непонятно, зачем нужна такая логика - сначала ответить клиенту 'ok', а только потом закончить выполнять операцию. Это логически неверно и сбивает с толку в 99% случаев. По-хорошему api должно принять запрос, выполнить действие (хоть меньше секунды, хоть все 90 секунд), а затем ответить клиенту с успехом или нет.
Главное здесь - грамотно настроить nginx (worker_connections и timeout'ы как минимум, возможно, в официальной документации найдется что-то более годное), чтобы в случае множества медленных запросов сервис продолжал нормально работать.
