unwrecker

Там какая-то ерунда творится с MySQL из репозитория. Я бы рекомендовал поставить Percona (https://www.percona.com/doc/percona-xtrabackup/2.1... или какой-нибудь другой форк.

Единственное, что не обладает в этой связке обратной совмнестимостью, это PHP. Но разные его версии имеют отдельные конфиги и сокеты для подключения (если только конфиги не очень старые и там порт вместо сокета). Так что бояться нечего

file_per_table не включён? На будущее неплохо бы включить - помогает в таких случаях удаление файла даных таблицы.

Таблицы в памяти держать пробовали (тип memory)?

Но скорее всего придётся отказаться от mysql в пользу какого-нибудь быстрого и нереляционного key-value хранилища, например memcache.