1. вы хотите контролировать версии библиотечных скриптов — вы держите их в vendor/assets. Тут кстати можно использовать гем vedorer, которому можно скормить ссылки на оригинальные библиотеки и указать локальный путь по которому их класть. при вызове rake задачи vendorer обновляет указанные файлы. ну а при деплое можно эту задачу и на серевере вызывать =)
2. вам без разницы какой версии будут скрипты — ставите ссылки на CDN