да, orm встроенный в джанку не может работать с монгой. но никто не мешает использовать любой другой orm. конечно плюшек в виде автоматической админки ты не получишь, но с монгой работать сможешь легко. одни и те же модели - нет. вроде бы нет еще orm которые бы работали с sql и no-sql одновременно. это вообще странное желание.