Если средствами системы, то я, обычно, использую Планировщик заданий и архиватор 7z.
Создается батник следующего содержания:
C:\PROGRA~1\7-Zip\7z.exe a Backup.7z -pПАРОЛЬ -r D:\папка_с_файлами\* -wD:\bcp -mx9 -ms -mmt
ftp 192.168.1.11
user Логин
Пароль
lcd D:\bcp
cd папка_с_бекапами
mput *.7z
yes
bye
