Как удалить не используемые стили из CSS файла?

Никаких тулзов нету. Только руками.
Фишка в том, что CSS может налагаться-убираться джаваскриптом в ответ на действия юзера. Также при определенной активности на сервере, скажем с сервера пришел кусочек хтмл-а и теперь тот или инной клас стал нужным итд итд.
Или же: любая страница грузит весь бандл стилей, а вот используются они на своих особых страницах. Или же: у вас Ангулар-реакт-вуе и до поры до времени некий компонент вообще отсутствует в странице, а потом происходит какая то активность и опппа -- а где мои стили.
Так что не ведитесь.
Автоматом цсс чистится только на примитивных лендингах