Опишу очевидные для меня преимущества на вскидку
1. Одинаковое окружение на проде, на тесте и локальное для разработки
2. Конфигурация окружения и конфиги под git
3. Легко сменить сервис (php, mysql и т.д.) или запустить несколько разных версий
На проде рекомендуется использовать volumes на локалке мапинг, случайно можно удалить и /var/lib/mysql, как говориться с дури можно и ч... сломать.