Как скомпилировать .vue компоненты в отдельные .js файлы?

Так и делал.
Думал можно без лишнего js файла.

Почему сервер больше не может сделать clone/pull/fetch определенного репозитория?

Нет, в репо ничего тяжелого не добавлялось. Один виндовый бинарник и около сотни строк кода.