Вы получаете те файлы, которые указали в entry.
Я хочу чтобы webpack не генерировал файл `styles.bundle.js` ведь он уже сгенерировал `css/styles.css`,
Уберите `styles: "./src/css/styles.css"` из entry. По-хорошему вам нужен index.js, внутри которого нужно импортировать весь ваш css. Совсем без js-файла обойтись не получится, т.к. все же главная задача вебпака - это собирать js.
Так же и с ejs,
То же самое, убрать все ejs из entrypoints. HtmlWebpackPlugin сгенерирует html по шаблону, в entry ничего дополнительно указывать не надо.