twistr

SELECT new_column, (CASE WHEN new_column < 1000 THEN new_column ELSE new_column + 1000 END) as new_column2 FROM (SELECT (CASE WHEN a.id > 500 THEN a.id ELSE a.id + 500 END) as new_column FROM table as a) as b

-- Не эффективный способ, но приемлемый на маленьких выборках B
SELECT 
  B.new_column,
  IF(B.new_column < 1000, B.new_column, B.new_column + 1000) AS new_column2
FROM (
  SELECT IF(a.id > 500, a.id, a.id + 500) as new_column
  FROM table a
) AS B;

-- А можно и так...
SELECT
  (a.id + IF(a.id < 500, 500, 0)) as new_column,
  (a.id + IF(a.id > 1000, 1000, 0)) as new_column2
FROM table a

используйте полноформатную запись (CASE WHEN a.id > 500 THEN a.id ELSE a.id + 500 END) вместо new_column
альясы поддерживаются только в having выражении, в where их поддержки нет
на производительности это не скажется, при условии что полноформатку будете дублировать символ в символ включая рЕгИСтр.