Если не использовать фреймворки и аппликейшен сервера, то можно все сделать практически на чистой java с минимальным набором библиотек. Как пример:
www.javaxt.com/javaxt-server
Если есть желание разобраться с аппликейшен серверами (сервлет контейнерами), то можно начать хоть с Томката, хоть с Caucho Resin. Последний - очень классный сервер.