Если я построю тему на основе этой заготовки она будет работать на других темах?
Вопрос не понятен от слова "совсем". Как может "работать" отключенная тема??
Как правильно делать тему чтобы ее можно было потом сменить на другую?
Любую тему можно в любой момент сменить на другую.
А правильно делать так: выкинуть из головы этот велосипедно-костыльный бред и подобрать тему из оф. каталога