tursoff

try
 user = ...
 db.session.add(user)
 db.session.flush((user,))
 property.user_id = user.id
 db.session.add(property)
 db.session.commit()
except
...

postgresql хранит базу данных не в одном файле, а во множестве файлов в разветвлённой группе каталогов. данный каталог задаётся при запуске сервера postgresql, и он не должен размещаться в каталогах каких-либо других программ, проектов и т. п. (вплоть до того, что доступ на корневой каталог данных БД выдаётся только пользователю и группе postgres). ну т. е. если вы установили сервер postgresql, то файл базы данных есть, и не один, просто в том месте, где должен быть, а не в том, в котором вам кажется уместным. =)
подключение к БД происходит либо по протоколу TCP, либо через unix-сокет, а не через какой-то файл базы данных. как именно это правильно делать - читайте документацию к вашему фреймворку по работе с postgresql.