Скорее всего, в javascript'e где-то раньше ошибка, которая не возникает только в вебките - например, какой-нибуть WebkitRequestAnimationFrame упоминается или ещё что-то вебкитноспецифическое, чего другие браузеры не понимают.. В любом случае, рекомендую посмотреть в консоль, скорее всего, там будут какие-то матюки по поводу ошибок))
А вообще, я б лучше делал анимацию с помощью transition - намного плавнее будет и кода в несколько раз меньше))