Sergey

В общем, сам спросил - сам ответил, может кому пригодится. Не сразу сообразил, но гораздо легче добавить запятую перед каждым элементом, кроме первого). Примерно так в моем случае:
<?php if ($loop_counter > 0) echo ',' ?>

Вот так у меня работает корректно:

<?php if ( have_rows( 'fifth-section' ) ) : ?>
    <?php while ( have_rows( 'fifth-section' ) ) : the_row(); ?>
    <?php if ( get_sub_field( 'display' ) == 1 ) { ?>
      "offers": {
        "@type": "AggregateOffer",
        "offers": [
        <?php if( have_rows('plans') ): ?>
        <?php 
          $loop_counter = 0;
          while( have_rows('plans') ): the_row(); 
          if($loop_counter%4 == 0){
            if($loop_counter > 0){ 
            ?>
          <?php } ?>
          <?php }
          $subtitle = get_sub_field('subtitle');
        ?>
	<?php if ($loop_counter > 0) echo ',' ?>
        {
          "@type": "Offer",
          "name": "<?php echo $subtitle; ?>",
          "url": "<?php echo get_permalink(); ?>"
        },
        <?php 
          $loop_counter++;
          endwhile;
        ?>
        <?php endif; ?>
      <?php } else { } ?>
      <?php endwhile; ?>
      <?php endif; ?>
      ]
    }
  }