transpond

Можно попробовать Redmine:

1. Плагин для подключения функционала прочитанных/непрочитанных сообщений:
github.com/egisz/redmine_already_read

2. В качестве папок использовать Версии (добавляются на уровне проектов) либо Настраиваемые поля.