Начну с того, что я сам учился в МИРЭА на кафедре Компьютерная безопасность. Говорю сразу - эта специальность отлично продолжает данную программу матшкольник. Обучение начинается с теории множеств, теории групп и групп перестановок и далее. Позже это подкрепляется хорошей практикой. Из языков программирования изучаются C++ и Assembler - имхо, это отличная база.

Поддержу мысль Владимира Меркулова: я тоже ушел после третьего курса, т.к. целиком и полностью погрузился в веб-программирование по настоящее время. Но в данный момент работодателям реально нужны не бумаги, а опыт. На данный момент сам работаю в МФТИ, и на мое удивление, в этом университете отличная база для практики и развития студентов, в частности, безмерное множество лабораторий и поддержки проектов.

Также предлагаю посмотреть в сторону IT-центра России - города Новосибирска.
По факту вышка необходима больше для жизненного опыта, пускай и не полная. Выбор за тобой.