На самом деле удалять ничего не надо было, просто достаточно пометить ненужные записи как неактивные.
$container = new Container();
$container->add("file_logger", FileLogger::class);
require_once "di.php";
$file_logger = $container->get("file_logger");
Если окажется, что работать с получившейся обвязкой неудобно — отрефакторите.
вы запутались в паттернах, потому что на самом деле они вам и не нужны.