флешка нужна не простая а с аппаратным шифрованием. были такие массового производства что с кнопочками ввода кода, что под отпечаток - суть едина - пока не проделаешь некоторые действия файлы не добыть.
Ну и вариант железных ключей, т.е. специальный криптомодуль на usb чтоб программа туда лазила за уникальным номерком, но опять же это уже не совсем флешка.
