Юрий Татаркин

1. Простой вариант. Сделать бекап того что есть, распаковать поверх дистрибутив, установить его обновлением.
2. Сложнее, включить вывод ошибок php, посмотреть на что ругается, восстановить подглядывая в дистрибутив.

Вот эта папка на чистом движке

Это не вопрос оп modx, а вопрос по html
<base href="[[++site_url]]" />
По второму вопросу: Сайт->Типы содержимого, там у HTML убираете расширение

Установите разделитель вывода.