Не работал с clickhouse, но в postgresql планировщик игнорирует индексы, если за раз происходит селект большого количества данных из таблицы. В этом случае селективность индекса слишком высокая. Возможно, проблема в этом. Можно попробовать разбить этот селект на несколько поменьше, что бы подтвердить или опровергнуть эту гипотезу.