Работайте в том, в чём удобно. Обе программы предназначены для работы с векторной графикой, обе имеют схожие возможности.
Где-то слышал, мол, для печати предпочитают Корел. Но, думаю, тут дело привычки и инерции. Сам работаю в Иллюстраторе, т.к. он лично мне удобнее, привык к продуктам Adobe.