MS Outlook - Управления правилами. Там можно сделать и запуск приложений и выполнение скриптов. В общем, вариантов обработки входящих писем у него много. С правилами работает не только Outlook, но и мозиловский почтовик.
Если и встроенная архивация не устраивает, то создайте bat-файл, в котором напишите что и куда копировать, и поместите его в список заданий с желаемым графиком))