RidgeA Вы правы! Спасибо.
Окончательно строчка выглядит так:
CMD ping mysql -c40 && ./vendor/bin/doctrine-module migrations:migrate && apache2-foreground
сначала приходится около 40 секунд пинговать контейнер с базой, ибо он инициализируется.
читал что можно сделать скриптами вида wait-for-it.sh, но по сути это тот же пинг.