timurc

Исправляю ответ, потому что не обратил внимания на то, что ваш сайт PHP-шный.

1. Создайте файл, например redirect.php. Будет удобно, если много редиректов.
2. Для каждого редиректа вставляйте следующий код.

Для первого случая (с главной на поддомен)

if($_SERVER['REQUEST_URI'] == '/index.php'){
    header("HTTP/1.1 301 Moved Permanently");
    header("Location: http://site.site.ru/"); # Либо https, разницы нет
    exit();

Для второго случая случая (с site.php на site.php поддомена)

if($_SERVER['REQUEST_URI'] == '/site.php'){
    header("HTTP/1.1 301 Moved Permanently");
    header("Location: http://site.site.ru/site.php"); # Либо https, разницы нет
    exit();