primary_list = tuple([line.strip() for line in open('file1.txt', 'r')])
secondary_list = tuple([line.strip() for line in open('file2.txt', 'r')])
Квадратные скобки, на мой взгляд, необязательны.
for item in primary_list:
if item is None:
continue
Не уверен, что эта ветвь выполнится хотя бы раз.
Если стоит задача ускорить работу скрипта, то, на мой взгляд, проще переписать так:
primary_set = frozenset(line.strip() for line in open('file1.txt', 'r'))
secondary_set = frozenset(line.strip() for line in open('file2.txt', 'r'))
with open('test.txt', 'w') as f:
for item in primary_set&secondary_set:
if item:
f.write(item+'\n')
print 'Complete'
Можете добавить сортировку по вкусу.