Александр Серый

Советую разделять таски на девелопмент и продакшин. Вот что я нашел в одном из моих gulpfile:

gulp.task('compile', ['sass','pug','concat']);
gulp.task('build', function(callback) {
  runSequence('cleanBuildDir','compile',['jsBuild', 'cssBuild', 'fontsBuild', 'htmlBuild', 'imgBuild','libsBuild'], callback);
});
gulp.task('default', ['compile','browser-sync','watch']);

Команда "gulp" запускает дефолтные(девелопмент) таски.
Команда "gulp build" делает продакшин версию. Вот сюда (в моем случае это "cssBuild' ) и нужно запихивать rename, minify и т.д. Аналогичный подход и к js, картинкам и прочее.

Папку "node_modules" обычно удаляю используя rimraf:
1.Ставлю пакет глобально через npm.
npm install rimraf -g
2. Захожу в консоли в нужную директорию.
3. Ввожу "rimraf name_of_folder"(например "rimraf node_modules").
Выше описанный способ подходит, если нужно удалить все подчистую... Если же нужно удалить конкретный пакет NPM, то через нативный uninstall.
Как еще вариант: подредактировать package.json и сделать "npm install". NPM сейчас подчищает за собой- отсутствующее в файле пакеты удалятся.