Мой повседневный вариант, который охватывает только часть сценариев: в личном кабинете есть кнопка "подключить бота", которая генерирует код подключения и выводит инструкцию "активируйте бота и введите код".
Можно перейти по ссылке на бота или найти вручную на телефоне по имени. Ввод кода в самом боте может быть отдельной командой или даже единственной командой для ботов-уведомителей. Пока не подключили, в кабинете висит состояние "выписан код 123-456-789, ждем подтверждения в боте".
