Запись в порт никак не может мешать заливке программы. После сброса на короткий промежуток времени запускает bootloader. Если он не получает запрос на заливку - идет запуск скетча. Можно попробовать нажать кнопку Reset до/сразу после начала заливки. Хотя при заливке сброс должен делаться автоматически через ногу DTR на FT232.