Нашёл данный вопрос, но решение не помогло.
Поэтому оставлю ответ о том, что помогло мне, может кому то поможет.
Если у Вас в компоненте catalog.section в url не хочет подставляться #SECTION_ID# или #SECTION_CODE#, но при этом #ELEMENT_ID# и #ELEMENT_CODE# работает нормально, то нужно передать параметр 'SHOW_ALL_WO_SECTION' => 'Y' тогда всё будет отлично.
А так же. Не обязательно в настройках инфоблока прописывать пути вообще, главное чтобы в компоненте был прописан правильный шаблон. И в файле urlrewrite.php было подходящее правило.
