Столкнулся на днях с такой штукой. Причем вычистив все куски которые были изменены на сайте, на движке OpenCart, ситуация повторилась, и теперь сайт перестал отображаться вообще. Что интересно, изменился файл hosts практически в то время, как я пришел на работу, а сегодня я немного опоздал. Там ничего интересного нет, но и время изменения файлов на сайте было зафиксировано так-же после включения компьютера. Пока смотрю в сторону FileZilla, т.к. подозрительно были известны аккаунты от фтп и Антивирус Касперсого указал на уязвимость
www.securelist.com/ru/advisories/54415/?function=advisories&VN=54415.