- Зачем менять тип таблиц средствами South, когда вы это уже успешно проделывали SQL-скриптом?
- Коли вы меняли тип всех таблиц и всё работало, в чём состоит вопрос и проблема?
Думается, достаточно перевести все таблицы вручную в InnoDB, и больше проблем не будет.
