В Nvidia X Server Settings есть возможность выбрать «авто» разрешение. В xorg.conf это выглядит так:
Section "Screen"
...
Option "metamodes" "DFP-0: nvidia-auto-select +0+0, DFP-2: nvidia-auto-select +1366+0"
Сдвиг настраивается по меньшему монитору, соответственно.
