Сам спросил, сам ответил xD
Данную проблему можно решить тем же beyond compare, просто создав образ папки, а точнее: Опции->Сохранение образа папки. Есть минус данного способа, хеш только в виде crc. Но есть и бонус в виде хранение информации о внутренностях архивов, а не только информации об архивах, как файлов.
Если есть другой вариант (скрипт), пишите, может пригодится)