Решение проблем оказалось довольно простым: при подключении к серверу необходимо указать "начальную папку", ориентируясь на следующий шаблон:
/home/<первая буква вашего логина>/<ваш логин>/
Перейдя по данному адресу, вы сразу попадаете на ту самую папку, в которой находятся все файлы ваших сайтов.
Вот и всё решение проблемы) Желаю всем успешных разработок ; )
