tampere

Скрывать код от коллег — бесполезное и бессмысленное занятие. Это означает, что вы им не доверяете, или они вам. В крупных компаниях принят принцип внутренней открытости. В яндексе любой разработчик может прочитать и использовать код внутренних серверов, в микрософте можно счекаутить windows (кроме коммерчески значимых участков кода типа bitlocker и алгоритмов ранжирования в рекламе и в поиске).
Защитить право на код очень просто — сделать его открытым. Тогда все точно будут знать, что это ваш проект, а не чей-то ещё.

Лучше весь путь (список parent-id) хранить к коменту, тогда дерево коментов можно выбирать одним запросом (так, по-моему, в ЖЖ делают).

Подумайте также о целях тестов. Мне кажется, если у вас есть хорошие библиотеки, доступные через тот же github, то не важно, проходили ли Вы какие-либо тесты, или нет. Мне, по крайней мере, тесты никогда не требовались (я, правда, не php программист).