res2001: Вы мне дали наводку. Почитал в мане про pkg-fetch и решил попробовать: pkg fetch -a -o repo, - параметр а означает скачать все, параметр о - куда "ложить" файлы, и спустя 10 секунд раздумий, мне было предложено скачать 47 гибибайт данных, я думаю, что это весь репозиторий. Спасибо большое!
А как он вообще сравнивает? По размеру? Нужна 100% гарантия целостности, а в этом поможет только сравнение контрольных сумм. Так-то diff можно использовать.