В битриксе при выгрузке товаров и экспорте заказов используется один и тот же механизм авторизации. Как я понял у вас в 1с настроено 2 обмена отдельно. Не может быть что один работает а второй нет. При тесте соединения в настройках обмена выводится ли ошибка?
