Ирония в том, что серебряной пули тут нет и только с практикой приходит понимание того, что тебе нужно, удобно и тд.
Делай приложения на несколько экранов, пробуй разные варианты, запоминай к каким сложностям приводит тот или иной вариант.
fantazerno, в общих чертах, да.
Если по пакетам смотреть, то тут можно взять список любимых и написать скрипт, который бы сначала спрашивал какие пакеты нужно установить в проект, а потом сам бы вызывал npm i ...
Смотри в сторону самописного CLI, но перед этим хорошо продумай структуру своего gulp конфига, насколько просто будет сделать его модульным, как ослабить связанность модулей, если такие имеются и тд.
Но проще будет не заморачиваться и использовать имеющийся бойлерплейт. Избыточность функционала в дев-окружении еще никому не навредила.
Делай приложения на несколько экранов, пробуй разные варианты, запоминай к каким сложностям приводит тот или иной вариант.