В общем как это обычно и бывает.. сам спросил, сам ответил.
DEBIAN_FRONTEND=noninteractive apt-get -y -o Dpkg::Options::="--force-confdef" -o Dpkg::Options::="--force-confold" dist-upgrade
Вдруг кому поможет.
Проблема оказалась в ESET NOD 32. Решилась удалением антивируса с компьютера, сейчас при установке последних версий больше не появляется, видимо с обновлениями проблему решили.
В общем проблема решена.
На WDS сервере нужно добавить установку WIN 10 как отдельный загрузчик. У нас она изначально была в общей с 8.1, 7, server и т.д. Видимо такая ошибка возникает из за различия архитектур.