Алексей Лебедев

Для начала такой вопрос. Какой тип поля в БД и что делаем в запросе? Ищем вхождения, либо равные?

Попробуй так:
Ключ на [PA].[AGId] + [PA].[PPId] (уникальный класт)
Ключ [Application].id. (уникальный класт)

Сделай 2 запроса:
select [CRId] from [Application].[PA] where [PA].[AGId]=1 and [PA].[PPId]=21
select [CRId] from [Application].[T] where id IN (полученые айди в запросе до этого)

Иногда следует отказываться от JOIN.
Но для начала надо определиться, что именно тормозит.
Можно еще с планом запроса, конечно.

CREATE PROC sp

AS

DECLARE @countrows int
SET @countrows = (select count(*) from таблица)

BEGIN
      insert into таблица (строка) values ( rand() )
WHILE 
      @countrows < 20
SET @countrows = (select count(*) from таблица)
      IF @countrows > 20
      BREAK
   ELSE
      CONTINUE
    
END

Как-то так

База 500ГБ плохо, плохо когда она не помещается в ОЗУ. Может ее стоить разбить на несколько баз или почистить?
Я уверен, что 99% данных можно хранить в текстовом файле без БД.

Я не могу понять как грязные данные и блокировки сочетаются?

Возьмите SSD на них БД. Если паранойя, то SSD RAID1.
SSD на порядок быстрее, чем HDD. А от SSD RAID 0 нету смысла.