Правильно хранить в БД, а не в файле. На парсинг файла вы потратите больше времени, чем на изучение БД.
В общем что нужно изучить:
1) отправка запроса на сервер через JS
2) парсинг JSON и вывод на таблицу в клиенте
3) обработка POST и GET запросов на сервере
4) выборка и удаление из БД
5) вывод данных из php через echo.